Gimnasia se presentó en este 2016 de manera oficial en la Tercera División de AFA y perdió 3-2 ante Villa Modelo en Avellaneda. En la previa, la Reserva ganó por 3-0.
El domingo por la noche se disputó la primera fecha del Torneo de Tercera División de la Asociación del Fútbol Argentino. Gimnasia debutó en su visita a Villa Modelo en Avellaneda y cayó por 3-2. Los goles del Lobo fueron anotados por Farese y Barrios.
En la previa del encuentro de Primera, la Reserva debutó con un triunfo por 3-0 con goles de Ampuero, Catena y Rodríguez. De esta manera, Gimnasia se trajo tres puntos. El próximo rival será Circulo Unidos de GON.